此时，堪大主教练的空缺则由另一位出色的教练威廉姆斯接手，而他对高中时代的皮尔斯也是相当欣赏。很快，来到堪萨斯大学的皮尔斯就在NCAA联赛中有了自己的一席之地。刚到学院不久，皮尔斯很快地就出任了小前锋的先发位置，而他整个赛季出席了全部的34场比赛，其中有33场担任先发，最后一个主场，按惯例由大四学生登场。第一年，皮尔斯平均每场比赛拿下11.7分与5.3个篮板，与来自科罗拉多大学的比卢普斯起分享了大学联盟的年度最佳新人。
这一年暑假，皮尔斯受邀加入了美国22岁以下的国家代表队，而这支代表队的最大工作就是扮演96年梦三的靶子队。这次的对抗赛让皮尔斯有了更多的机会与NBA职业明星同场竞技，而且在场上，他有幸与皮蓬等明星小前锋做了一对一的攻守，这次的对抗赛也让皮尔斯有了进军NBA的信心。
上了大三之后，皮尔斯再次拥有了一个几乎完美的球季，其投篮命中率高达51.3%，而且他也成为了各大媒体评选全美第一队的主要人选。尽管这次皮尔斯的季后赛之旅只有两场，但这次皮尔斯终于决定要挥别NCAA联赛，展开自己的NBA之旅，而皮尔斯是也是威廉姆斯手下第一个弃学加盟NBA的球员。
97年6月，小皮尔斯两岁的麦迪率先决定在高中毕业之后参加NBA选秀大会。由于高中毕业的麦迪在知名度方面并不如经过大学NCAA联赛锤炼的邓肯、范霍恩和托马斯，而高中生球员中只有麦迪是人们比较熟悉的一位球员，所以那届选秀大会，人们仍像96年一样，将大部分目光投入到大学生新秀球员身上，这一年的选会大会是近几年比较沉闷一届。
排名靠前的马刺等多支球队分别将心仪的新秀球员挑走，而麦迪在第九顺位被猛龙队挑中也是一个意料之中的结果。“这对我来说确实是一个不错的结果，我只是一个高中生，在知名度方面与大学球员进行比较并无优势可言而在选秀的前一晚，我还想到我可能会被在第二十名开外选中。”显然，自己知道差距所在的麦迪对第九顺位还是感到满意的。但在皮尔斯那里98年选秀大会给他带来的痛苦要比其他人大很多。
98年的选秀大会上有三个公认的前三顺位:第一个球员是亚历桑那大学的控球后卫毕比，因为从来没有一个传统型的控球后卫能够在选秀会上获得这么高的评价而上一个能够在选秀大会上居首的控球后卫，就是魔术师约翰逊。