明代白莲教信徒众多，主要来自下层社会。各派内部实行家长制统治，尊卑有序，等级森严。首领的成分十分复杂，对明廷的态度也很不一致。有的借兴教欺骗信徒，聚敛钱财；有的凭撰写经卷攀附上层，取悦朝廷；有的在宫廷太监、官僚豪门中发展信徒；有的则与下层群众反对官府的斗争相结合，发动武装起义。如永乐十八年（1420）唐赛儿起义和天启二年（1622）徐鸿儒起义皆是。
入清以后，白莲教又增加了许多支派，如老官斋、八卦教等，加上前代已有的支派，名目竟达百余种。与明代相比，教义更加芜杂，对无生老母的崇拜则有增无减。乾隆后期到嘉庆年间是白莲教的极盛时期，不仅活跃于北方诸省，在东北和南方各省也广泛传播。直隶滦州石佛口王姓家族主持的大乘教在各教派中处于特殊地位，影响尤大，传播范围扩及长江中下游地区。
清初白莲教曾受反清复明思想影响，各派与清廷一般处于敌对状态。乾隆三十九年（1774）清水教徒王伦的起义，嘉庆元年（1796）收元教发动的鄂、豫、川、陕、甘五省农民起义，嘉庆十八年李文成等领导的天理教起义，都沉重打击了清朝的统治。但是，就这些教派的教义而言，并不包含反封建的革命因素。道光以后直到近代，白莲教的活动并未消失，但其组织往往为反动阶级所利用。1949年以前在个别地区尚存的少数白莲教支派，已沦为反动会道门组织。